El CEPREDENAC para el logro de sus objetivos y el desarrollo de sus funciones, cuenta con los siguientes órganos, (Reglamento General de Funcionamiento, título III, Artículo 13):
- El Consejo de Representantes, Máximo Órgano Decisorio.
- La Presidencia del Consejo de Representantes.
- La Secretaría Ejecutiva.
- Las Comisiones Nacionales.
- Las Comisiones Técnicas.
La Secretaría Ejecutiva del CEPREDENAC, es responsable de la ejecución de las decisiones del Consejo de Representantes, de la coordinación de las actividades auspiciadas por el Centro y de la dirección de los aspectos administrativos, financieros y de apoyo a los Entes Rectore miembros del CEPREDENAC.
En función del cumplimiento del Convenio Constitutivo y su reglamento en el Artículo 3 Principios: sobre la “Integración Centroamericana. La búsqueda de los objetivos de la integración regional es el marco orientador de las actuaciones y fundamento de los mandatos principales del CEPREDENAC, de tal manera que prevalezca el interés regional sobre el interés nacional”, las acciones desde la Secretaría Ejecutiva se ejecutan de forma justa y equitativa, según las demandas y necesidades propias de cada país.
